苹果树烂根病发生的原因主要有：生长期雨水过多，土中含水过量，排水不良，施肥不当，土壤板结，有机质少等导致土壤透气性太差。栽植过深或培土过厚，耕作时伤害根部等，也易导致烂根病的发生和加重危害程度。引起苹果树烂根的主要病害有苹果根朽病、白绢病、白纹羽病、紫纹羽病等。这几种烂根病除危害苹果树外还可危害梨、桃、李、樱桃等果树。防治烂根病的主要方法有：
一、加强栽培管理，创造不利于烂根病发病的条件
1、及时排水 雨季来临前，挖好排水沟，及时排除积水和过多水分，降低地下水位和土壤含水量，以避免积水涝根。挖排水沟时要把树盘适当加高，行间稍低，同时要注意保护根系和根颈少受伤害，以减少病菌侵入途径和增强抗病能力。
2、适当深翻 在采果后的9～10月，要结合施基肥深翻果园。基肥施用时要以营养全、肥沃的农家肥为主，配合施用化学肥料和微生物肥料。把板结贫瘠的土壤改良成疏松肥沃的土壤，改善根际土壤的水、肥、气、热条件，为根系创造良好的生长环境。
3、施用生物菌肥 在施基肥和追肥时施用微生物菌肥（如益恩木微生物复合菌剂，或EM微生物环境改良剂—农业种植专用型），一方面具有固氮解磷解钾，减少化肥施用量的好处。同时还有增加土壤有益菌，抑制有害菌的作用，有利于烂根病的治疗和修复。
4、调节土壤pH值（酸碱度） 把土壤pH值调节到6.5以上，以改善土壤理化性状，创造不利于各类烂根病发生的环境。
二、及时处理病株，防止病害蔓延
1、开沟封锁 初见病株或病株少时，立即在病株树冠投影下开深沟封锁，并施入益恩木微生物复合菌剂（以菌制菌），以免病根与四周邻近的健根接触，防止病害蔓延。对紫纹羽病、白纹羽病及根朽病，在果园内初见病株时，应在病株周围挖1米以上的深沟进行隔离，以防病害蔓延。紫纹羽病常通过刺槐病根传人到果园内，因此果园不宜用刺槐等寄主树木做防护林。
2、清根消毒 发现病株后，应根据不同病害进行处理。对白绢病，应先将根颈部病斑彻底刮除，然后用有效药剂消毒伤口，再外涂波尔多液保护剂，并对病根周围的土壤进行药剂消毒。发病轻的，挖开后先晾根几天，最后再用无病土覆盖。
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